RAPTOR

Сүрөттөмө

РАПТОР протеиндин структурасын так болжолдоо үчүн иштелип чыккан инновациялык программа. Бул өнүккөн талдоо куралдарын бир интегралдык программалык камсыздоодо бириктирип, үч башка жип ыкмаларын сунуштайт. РАПТОРдун уникалдуу бүтүндөй программалоону оптималдаштыруу ыкмасы, ырааттуу гомологиясы төмөн буталардын структуралык шаблондорун табуу үчүн эң натыйжалуу жана жогорку сапаттагы моделдерди иштеп чыгууга жөндөмдүү. Колдонууга оңой интерфейс жана түшүнүүгө оңой E баалуулуктары башталгычтар жана эксперттер үчүн идеалдуу. Баарынан маанилүүсү, чыгуунун интуитивдүү дисплейи колдонуучуларга натыйжаларды жөн гана бир караганда түшүнүүгө мүмкүнчүлүк берет. Максаттуу протеин ырааттуулугун эске алганда, эгерде белгилүү 3D структурасына ээ гомологдук белок бар болсо, аны РАПТОРдо берилген PSI-BLAST сыяктуу ырааттуулук издөө куралдары аркылуу табууга болот. Максаттын түзүмү андан кийин белгилүү болгон структурадан курулат; бирок, ырааттуулук гомологиясы анчалык мааниге ээ болбогондо, башкача айтканда 25% дан төмөн болгон учурда, PSI-BLAST ишенимдүү сокку менен келе албайт. Жөн эле ырааттуулукту издөө менен алектенген PSI-BLASTдан айырмаланып, протеинди жипке бөлүп, бүктөөнү таануу гомологияны жана структуралык маалыматты колдонот. Белгисиз структурасы бар белок тизмегин белгилүү структуралардын маалымат базасына карайт. Скоринг функциясын колдонуу жана үч өлчөмдүү структуралар менен сызыктуу протеин тизмектеринин ортосунда шайкештик анализин жүргүзүү менен, ырааттуулуктун структурасын кура турган мыкты структуралык шаблон аныкталат. Натыйжада, белок жиптери гомологиялык моделдөөгө караганда, маргиналдык ырааттуулук гомологиясы болгондо жогору божомол берет.